MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 chromosome

Total Repeats: 83544

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006905	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	62178571
2	NC_006905	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	62178571
3	NC_006905	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178572
4	NC_006905	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	62178572
5	NC_006905	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	62178572
6	NC_006905	GAT	2	6	483	488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178572
7	NC_006905	A	6	6	491	496	100 %	0 %	0 %	0 %	62178572
8	NC_006905	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178572
9	NC_006905	T	6	6	545	550	0 %	100 %	0 %	0 %	62178572
10	NC_006905	GC	3	6	575	580	0 %	0 %	50 %	50 %	62178572
11	NC_006905	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178572
12	NC_006905	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
13	NC_006905	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	62178572
14	NC_006905	GATC	2	8	777	784	25 %	25 %	25 %	25 %	62178572
15	NC_006905	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
16	NC_006905	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
17	NC_006905	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	62178572
18	NC_006905	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
19	NC_006905	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
20	NC_006905	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178572
21	NC_006905	CT	3	6	1105	1110	0 %	50 %	0 %	50 %	62178572
22	NC_006905	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178572
23	NC_006905	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	62178572
24	NC_006905	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178572
25	NC_006905	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178572
26	NC_006905	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
27	NC_006905	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	62178572
28	NC_006905	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	62178572
29	NC_006905	TG	3	6	1417	1422	0 %	50 %	50 %	0 %	62178572
30	NC_006905	GC	3	6	1436	1441	0 %	0 %	50 %	50 %	62178572
31	NC_006905	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
32	NC_006905	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178572
33	NC_006905	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	62178572
34	NC_006905	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	62178572
35	NC_006905	AATATC	2	12	1606	1617	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	62178572
36	NC_006905	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	62178572
37	NC_006905	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	62178572
38	NC_006905	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178572
39	NC_006905	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	62178572
40	NC_006905	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178572
41	NC_006905	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178572
42	NC_006905	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	62178572
43	NC_006905	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62178572
44	NC_006905	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	62178572
45	NC_006905	TCG	2	6	2086	2091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178572
46	NC_006905	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62178572
47	NC_006905	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
48	NC_006905	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178572
49	NC_006905	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178572
50	NC_006905	CT	3	6	2254	2259	0 %	50 %	0 %	50 %	62178572
51	NC_006905	TC	3	6	2292	2297	0 %	50 %	0 %	50 %	62178572
52	NC_006905	GC	3	6	2314	2319	0 %	0 %	50 %	50 %	62178572
53	NC_006905	CG	3	6	2345	2350	0 %	0 %	50 %	50 %	62178572
54	NC_006905	ACC	2	6	2482	2487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	62178572
55	NC_006905	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178572
56	NC_006905	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178572
57	NC_006905	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178572
58	NC_006905	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	62178572
59	NC_006905	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	62178572
60	NC_006905	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178572
61	NC_006905	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178572
62	NC_006905	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178572
63	NC_006905	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178573
64	NC_006905	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178573
65	NC_006905	A	7	7	3060	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	62178573
66	NC_006905	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178573
67	NC_006905	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178573
68	NC_006905	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	62178573
69	NC_006905	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178573
70	NC_006905	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178573
71	NC_006905	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	62178573
72	NC_006905	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	62178573
73	NC_006905	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178573
74	NC_006905	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178573
75	NC_006905	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	62178573
76	NC_006905	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178573
77	NC_006905	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178573
78	NC_006905	CG	4	8	3503	3510	0 %	0 %	50 %	50 %	62178573
79	NC_006905	GC	3	6	3558	3563	0 %	0 %	50 %	50 %	62178573
80	NC_006905	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178573
81	NC_006905	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178573
82	NC_006905	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178574
83	NC_006905	T	8	8	3819	3826	0 %	100 %	0 %	0 %	62178574
84	NC_006905	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178574
85	NC_006905	TC	3	6	3907	3912	0 %	50 %	0 %	50 %	62178574
86	NC_006905	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178574
87	NC_006905	CG	3	6	3962	3967	0 %	0 %	50 %	50 %	62178574
88	NC_006905	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178574
89	NC_006905	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178574
90	NC_006905	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	62178574
91	NC_006905	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178574
92	NC_006905	CG	3	6	4206	4211	0 %	0 %	50 %	50 %	62178574
93	NC_006905	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178574
94	NC_006905	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178574
95	NC_006905	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	62178574
96	NC_006905	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178574
97	NC_006905	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62178574
98	NC_006905	GCT	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178574
99	NC_006905	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178574
100	NC_006905	GATG	2	8	4633	4640	25 %	25 %	50 %	0 %	62178574
101	NC_006905	CAGC	2	8	4642	4649	25 %	0 %	25 %	50 %	62178574
102	NC_006905	CG	3	6	4662	4667	0 %	0 %	50 %	50 %	62178574
103	NC_006905	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	62178574
104	NC_006905	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178574
105	NC_006905	CTGA	2	8	4700	4707	25 %	25 %	25 %	25 %	62178574
106	NC_006905	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178574
107	NC_006905	ACA	2	6	4741	4746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	62178574
108	NC_006905	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178574
109	NC_006905	AAAG	2	8	4880	4887	75 %	0 %	25 %	0 %	62178574
110	NC_006905	GCT	2	6	4954	4959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178574
111	NC_006905	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62178574
112	NC_006905	CTGC	2	8	4970	4977	0 %	25 %	25 %	50 %	62178574
113	NC_006905	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178574
114	NC_006905	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62178574
115	NC_006905	TG	3	6	5148	5153	0 %	50 %	50 %	0 %	62178575
116	NC_006905	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62178575
117	NC_006905	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	62178575
118	NC_006905	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62178575
119	NC_006905	CG	3	6	5251	5256	0 %	0 %	50 %	50 %	62178575
120	NC_006905	T	6	6	5258	5263	0 %	100 %	0 %	0 %	62178575
121	NC_006905	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	62178575
122	NC_006905	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62178575
123	NC_006905	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	62178575
124	NC_006905	ACC	2	6	5388	5393	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	62178575
125	NC_006905	CG	3	6	5470	5475	0 %	0 %	50 %	50 %	62178575
126	NC_006905	AG	3	6	5552	5557	50 %	0 %	50 %	0 %	62178575
127	NC_006905	TGT	2	6	5568	5573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	62178575
128	NC_006905	CAAAAT	2	12	5578	5589	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	62178575
129	NC_006905	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178575
130	NC_006905	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178575
131	NC_006905	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178575
132	NC_006905	AATCAG	2	12	5873	5884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	62178575
133	NC_006905	CG	3	6	5971	5976	0 %	0 %	50 %	50 %	62178576
134	NC_006905	GCC	2	6	5979	5984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	62178576
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136	NC_006905	CAA	2	6	6110	6115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	62178576
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271	NC_006905	TAC	2	6	13611	13616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62178583
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390	NC_006905	A	7	7	22223	22229	100 %	0 %	0 %	0 %	62178588
391	NC_006905	GGC	3	9	22254	22262	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178588
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393	NC_006905	CGA	2	6	22320	22325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	62178588
394	NC_006905	TGGC	2	8	22389	22396	0 %	25 %	50 %	25 %	62178588
395	NC_006905	CGG	2	6	22421	22426	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178588
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397	NC_006905	GCT	2	6	22647	22652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	62178588
398	NC_006905	CGCC	2	8	22655	22662	0 %	0 %	25 %	75 %	62178588
399	NC_006905	GGC	2	6	22681	22686	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	62178588
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